בעיות שיש לשים לב אליהן בהתקנה ובנייה של צינורות PEX: לצינורות PEX יש קשיות נמוכה יותר וקשיחות ירודה יותר מצינורות מתכת, ויש להגן עליהם כראוי במהלך הטיפול, הבנייה והליכי התקנת הצינורות לאחר התקנת צינורות כדי למנוע בנייה לא נכונה ונזק מכני . בפרט, יש לסמן את מיקום הצינור לאחר הנחת החשיכה, כדי למנוע נזק לצינור במהלך העיטור השני; צינור PEX שביר בטמפרטורה נמוכה (מתחת ל-5 מעלות), אז היזהר במהלך הבנייה בחורף, והשתמש בסכין חדה כדי לחתוך לאט בעת חיתוך הצינור. . אין ללחוץ או לדפוק את הצינורות המותקנים, ובמידת הצורך לכסות את החלקים המושפעים בקלות מכוחות חיצוניים; צינורות PEX מתכלים בקלות על ידי קרינה אולטרה סגולה ארוכת טווח, ויש לעטוף אותם בשכבת הגנה כהה או בשכבת הגנה כהה כשהם מותקנים בחוץ או באור שמש ישיר. החל צבע אנטי אולטרה סגול.
